BioSolvetIT Seesar （免費(fèi)安裝版）是一款直觀、可視化的藥物設(shè)計平臺，它涵蓋藥物發(fā)現(xiàn)過程的每一步——從虛擬篩選到基于片段的設(shè)計——SeeSAR 以最有趣和最全面的方式促進(jìn)構(gòu)思。

SeeSAR 在藥物設(shè)計過程的每一步都促進(jìn)創(chuàng)新。 該應(yīng)用程序包括所有對處理您的化合物和目標(biāo)結(jié)構(gòu)至關(guān)重要的工具，這些工具已根據(jù)任何化學(xué)家的需求進(jìn)行了微調(diào)。ADME 屬性評估、全面的顏色編碼、未占用的綁定口袋可視化等許多有用的功能，支持您做出合理的交互式?jīng)Q策。

今天腳本之家小編給大家分享的是BioSolvetIT Seesar的安裝版本，此版本內(nèi)含補(bǔ)丁，只需要簡單的幾步操作即可免費(fèi)使用全部功能，下面有詳細(xì)的安裝教程，需要的朋友不要錯過哦！

軟件功能

SeeSAR 是您直觀、可視化的藥物設(shè)計平臺。涵蓋藥物發(fā)現(xiàn)過程的每一步——從虛擬篩選到基于片段的設(shè)計——SeeSAR 以最有趣和最全面的方式促進(jìn)構(gòu)思。

SeeSAR 在藥物設(shè)計過程的每一步都促進(jìn)創(chuàng)新。該應(yīng)用程序包括所有對處理您的化合物和目標(biāo)結(jié)構(gòu)至關(guān)重要的工具，這些工具已根據(jù)任何化學(xué)家的需求進(jìn)行了微調(diào)。

ADME 屬性評估、全面的顏色編碼、未占用的綁定口袋可視化等許多有用的功能，支持您做出合理的交互式?jīng)Q策。

我們所有的工具都基于可靠和透明的科學(xué)，這些科學(xué)被一千多種出版物引用。如果您想了解更多關(guān)于 SeeSAR 背后的科學(xué)知識，請點(diǎn)擊按鈕。

13版特點(diǎn)

使用 SeeSAR 'Midas' 進(jìn)入現(xiàn)代和復(fù)雜藥物發(fā)現(xiàn)的下一階段。第 13 版的開發(fā)目的是用作一種功能強(qiáng)大但用戶友好的工具，用于生成以目標(biāo)為導(dǎo)向的結(jié)果——只需單擊一下!

新穎的構(gòu)思引擎稱為“MedChemesis”：一種配體突變工具，可根據(jù)常見的藥物化學(xué)反應(yīng)創(chuàng)建一系列與查詢化合物相似的化合物。可以在吸氣模式下訪問 MedChemesis，對化合物周圍的近端化學(xué)空間進(jìn)行采樣以進(jìn)行有希望的修飾(例如，將羧酸生物等排替換為四唑基團(tuán)，引入鹵素或甲基以增加效力，或替換碳對于芳環(huán)系統(tǒng)內(nèi)的氮原子)。通過總共 290 種最常見的藥物化學(xué)轉(zhuǎn)化，MedChemesis 以最有效的方式探索了由結(jié)合位點(diǎn)拓?fù)湟龑?dǎo)的大量類似物——無需完整列舉所有可能性。

除了幾項生活質(zhì)量軟件改進(jìn)外，還添加了另一項重要功能來增強(qiáng)屏幕設(shè)計體驗：用戶現(xiàn)在可以可視化目標(biāo)/蛋白質(zhì)表面。多種著色和可視化選項(基于親脂性、鏈條顏色、不透明/透明……)可用于根據(jù)您的需要創(chuàng)建有意義的圖形。功能還不止于此：所有 3D 表面表示都可以通過 SeeSAR glb 文件導(dǎo)出導(dǎo)出，以用于演示文稿，以直觀地傳遞科學(xué)的核心信息!

功能特色

蛋白質(zhì)模式

拖放您的蛋白質(zhì)，或在在線數(shù)據(jù)庫中輕松搜索。幾秒鐘之內(nèi)，您的目標(biāo)就準(zhǔn)備好了，您就可以開始了。

蛋白質(zhì)編輯器模式

根據(jù)您的需要修改您的蛋白質(zhì)。探索旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體、引入突變并定制側(cè)鏈。

結(jié)合位點(diǎn)模式

SeeSAR 會自動為您檢測配體的結(jié)合位點(diǎn)。此外，您可以通過添加單個殘基來精確擴(kuò)展它——或者單擊一下以找到蛋白質(zhì)中的空位。

分子編輯器模式

根據(jù)您的喜好在 2D 或 3D 中即時修改分子。完成后，分子會直接為您的任務(wù)做好準(zhǔn)備。

分析儀模式

使用可視化的 HYDE 分?jǐn)?shù)估計親和力并解釋結(jié)果。過濾您的化合物以獲得相關(guān)參數(shù)，計算 ADME 屬性，并完全控制配體-靶點(diǎn)相互作用。

吸氣模式

創(chuàng)意無限!發(fā)現(xiàn)新的支架，探索自由空腔并使其生長，或使用片段庫連接分子以獲得優(yōu)雅的解決方案。

對接模式

一鍵停靠化合物!篩選活性成分庫，并本能地評估您的結(jié)果。

相似掃描儀模式

根據(jù)化合物的分子相似性，無需目標(biāo)結(jié)構(gòu)即可比對您的化合物。

新功能

[2023-05-17]

SeeSAR 13 的創(chuàng)建旨在為用戶提供只需單擊一下即可將其化合物轉(zhuǎn)化為有價值的想法所需的所有工具。

重要說明： SeeSAR 13 附帶更新的 HYDE 化學(xué)模型。因此，親和力計算在版本 13 和舊版本的 SeeSAR 之間可能會有所不同。如果在 SeeSAR 13 中打開使用以前的 SeeSAR 版本創(chuàng)建的項目，則需要對姿勢進(jìn)行后續(xù)重新評分。

MedChemesis：Inspirator 模式的補(bǔ)充

隨著 MedChemesis 的推出，Inspirator 模式又添了一筆!

MedChemesis 在結(jié)合位點(diǎn)創(chuàng)建一系列配體的 3D 類似物，應(yīng)用多達(dá) 290 種受藥物化學(xué)啟發(fā)的轉(zhuǎn)化，只需單擊添加到 Inspirator 的所有分子即可觸發(fā)。MedChemesis 有助于生成輸入分子的密切類似物，具有更高的親和力、生物利用度，以及覆蓋代謝軟點(diǎn)，并找到最佳的生物電子等排替代物。

“Fragment origin”列表示已應(yīng)用于特定結(jié)果分子的轉(zhuǎn)化類型。

增強(qiáng)的蛋白質(zhì)表面

迄今為止僅限于結(jié)合位點(diǎn)的表面生成和展示現(xiàn)在可用于整個蛋白質(zhì)表面。

顯示蛋白質(zhì)表面的機(jī)制已從右上角的可視化設(shè)置移至序列視圖。

可視化將結(jié)合位點(diǎn)與蛋白質(zhì)的其余部分區(qū)分開來，并提供了一系列方法(LogP、Element、Chains、Custom)來為表面著色。

表面透明度也可以在透明和不透明之間切換。

增強(qiáng)的 3D 模型導(dǎo)出到 PowerPoint

從 SeeSAR 將 3D 模型導(dǎo)出為 .glb 文件以用于外部演示工具(如 PowerPoint)已擴(kuò)展為包括完整的蛋白質(zhì)，包括色帶和表面可視化。

此擴(kuò)展克服了以前的限制，即此類輸出僅限于分子和結(jié)合位點(diǎn)殘基。

引擎蓋下化學(xué)模型的改進(jìn)

SeeSAR 13.0 的化學(xué)模型已更新，具有以下更改：

VSEPR 幾何形狀的修訂

鍵長的調(diào)整和微調(diào)

改進(jìn)的芳香性檢測

持續(xù)支持含過渡金屬的化合物

蒽醌環(huán)系統(tǒng)的改進(jìn)構(gòu)象

引擎蓋下對接算法的改進(jìn)

極性相互作用的改進(jìn)和統(tǒng)一

改善硫相互作用

改進(jìn)和統(tǒng)一的非極性相互作用

改進(jìn)了算法的數(shù)值穩(wěn)定性和平臺 獨(dú)立性

改進(jìn)排名和重新對接結(jié)果

引擎蓋下評分功能的改進(jìn)

HYDE 2.0 附帶的 SeeSAR 13 帶來了以下改進(jìn)：

將硫氫鍵視為弱極性相互作用

考慮所有原子(包括極性原子)的疏水分?jǐn)?shù)貢獻(xiàn)

能夠使用球體 (Ph4) 約束作為后置過濾器

改進(jìn)排名和與實驗結(jié)果的相關(guān)性

改進(jìn)了算法的數(shù)值穩(wěn)定性和平臺 獨(dú)立性

引擎蓋下 3D 對齊算法的改進(jìn)

SeeSAR 13 附帶 FlexS 5.0，帶來以下改進(jìn)：

改進(jìn)、統(tǒng)一的極性相互作用和非極性相互作用

考慮疏水原子對排列的貢獻(xiàn)

改進(jìn)基準(zhǔn)測試中的對齊結(jié)果

對引擎蓋下的片段增長算法的改進(jìn)

FastGrow 1.1 附帶了 SeeSAR 13，帶來了以下改進(jìn)(需要最新版本的增長庫)：

修改后的片段數(shù)據(jù)庫僅包含椅子構(gòu)象

SeeSAR 13 附帶一個包含 12K 片段的數(shù)據(jù)庫。更大的片段數(shù)據(jù)庫可以從我們的網(wǎng)站免費(fèi)下載。

改進(jìn)且易于理解的錯誤消息

一般 SeeSAR 可視化架構(gòu)更新

3D 渲染機(jī)制已從根本上進(jìn)行了徹底改造，成為一個現(xiàn)代化的、獨(dú)立于平臺的架構(gòu)。

SeeSAR 的底層用戶界面框架也從 Qt5 升級到 Qt6。此升級帶來的結(jié)果是不再支持某些較舊的 Linux 版本。所有擁有服務(wù)器許可證的用戶都必須更新到最新的 Flexlm 11.19.2 許可證包。

項目兼容性

遷移到 SeeSAR 13.0 并使用早期 SeeSAR 版本創(chuàng)建的項目的用戶將被告知，由于 SeeSAR 13.0 中分子處理、化學(xué)和相互作用模型的重大改進(jìn)，所有分?jǐn)?shù)都將被重置。用戶將有機(jī)會保存其舊項目的副本。

面向用戶的界面改進(jìn)

開始屏幕開始

屏幕將不再包含“新增功能”幻燈片，但可以通過 SeeSAR 右上角的新擴(kuò)音器圖標(biāo)直接鏈接到更新日志。這樣一來，所有的變化都可以系統(tǒng)地記錄在網(wǎng)站上，用戶想要了解新的也只有這一個地方可以關(guān)注!

“What's New”擴(kuò)音器圖標(biāo)將顯示一個“通知點(diǎn)”，以指示新 SeeSAR 版本的可用性，或者如果用戶甚至沒有單擊此按鈕來閱讀更改日志一次。

新熱鍵 常用的表操作現(xiàn)在有鍵盤快捷鍵，適用于所有分子表：

檢查分子 - ALT+C

標(biāo)記為收藏 - ALT+F

將分子設(shè)置為活性/非活性 - ALT+A

改進(jìn)了對接和相似掃描儀輸入的處理

對接和相似掃描儀模式中的輸入表現(xiàn)在包含復(fù)選框，可以選擇和刪除后續(xù)對接或 3D 對齊計算不需要的輸入分子。

此添加克服了先前存在的瓶頸，即輸入表中的所有分子總是要進(jìn)行對接或 3D 對齊計算。

改進(jìn)了已檢查分子的處理

當(dāng)在任何表格中“檢查”分子時，表格標(biāo)題上會顯示當(dāng)前已檢查分子總數(shù)的附加指示器。

在具有多個表(對接、相似性掃描器)的模式中，如果在檢查多個表中的分子時嘗試對已檢查的分子執(zhí)行操作，則會警告用戶。

這可以防止意外刪除/移動用戶可能在當(dāng)前視圖之外的表格的不同部分檢查過的分子。

改進(jìn)的通知消息：

SeeSAR 中的通知傳遞方式發(fā)生了顯著變化，確保用戶不會錯過重要通知。

基本上有兩種向用戶顯示的通知 a) 信息(藍(lán)色背景) b) 錯誤/警告(紅色或橙色背景)。

錯誤和警告保留在屏幕上，必須由用戶明確關(guān)閉。

消息中心中有關(guān)于可用消息數(shù)量的指示。

在消息中心內(nèi)，用戶現(xiàn)在可以選擇“清除所有信息”或“清除所有消息”。

增強(qiáng)的過濾選項

“組合過濾器”旗幟下的三個新過濾器可用于分析儀，使用眾所周知的標(biāo)準(zhǔn)快速有效地過濾分子，即：

藥物相似性(Lipinski 規(guī)則 5)

鉛樣

片段相似度

改進(jìn)的進(jìn)度可視化

引入了視覺上和功能上改進(jìn)的進(jìn)度對話框。這種新的進(jìn)度可視化傳達(dá)了三種與當(dāng)前正在執(zhí)行的流程的進(jìn)度相關(guān)的不同消息，即：

進(jìn)程運(yùn)行的圖形表示

執(zhí)行完成的百分比

執(zhí)行完成的估計剩余時間

改進(jìn)了對外部 HYDE 評分的支持

HYDEscorer 定義文件導(dǎo)出也可以從分析器中獲得，現(xiàn)在還包括所有活動 Ph4 約束的信息，用作使用 HYDE 2.0 命令行工具進(jìn)行計算的后過濾器。

注意：這種對使用 Ph4 約束的擴(kuò)展支持在綁定站點(diǎn)模式中不可用。

系統(tǒng)要求

-RAM：8GB 最好，超過就更好了。

-CPU：我們的工具不是很餓——但它們從多個 CPU 中獲益，因為它們實現(xiàn)了并行算法。如果有疑問，寧愿選擇更慢的 CPU 而不是更快的 CPU。

- 顯卡：重要的是要知道本地顯卡對于 infiniSee 和 SeeSAR 是強(qiáng)制性的。

安裝教程

1.在腳本之家下載解壓后，雙擊seesar-13.0.0-Win64和crack等文件，雙擊seesar-13.0.0-Win64開始安裝軟件；

點(diǎn)擊browse更換軟件安裝目錄，如圖

2.默認(rèn)選擇直接點(diǎn)擊next，如圖

3.默認(rèn)選擇，點(diǎn)擊next，如圖

4.點(diǎn)擊install開始安裝軟件，如圖

5.等待安裝完成，如圖

6.安裝完成，去掉勾選，先不要運(yùn)行軟件，如圖

7.在安裝補(bǔ)丁前，首先要打開軟件的安裝目錄，如果忘記軟件的安裝目錄，請返回到桌面，找到軟件的桌面快捷圖標(biāo)，并右鍵點(diǎn)擊圖標(biāo)，出現(xiàn)彈窗后選擇“打開文件位置”即可獲得文件安裝目錄。如圖

8.打開crack文件夾，將里面的補(bǔ)丁復(fù)制到軟件安裝目錄中替換，如圖

9.選擇替換目標(biāo)中的文件，如圖

10.安裝完成，如圖