discovery studio 4.5免費版是一款由biovia公司推出的綜合性分子建模和環(huán)境模擬軟件，這個可以說是最新版本了，軟件兼容32位和64位操作系統，它為使用者提供了豐富的模塊供用戶選擇，并擁有先進的算法和高質量的圖形界面，新版本還加入了新的方法，增強了軟件兼容性，不過該軟件并無破解版，歡迎有需要的朋友們前來下載使用。

軟件特色

基本界面和顯示模塊

·Discovery Studio Standalone

可視化界面，是利用Discovery Studio軟件進行分子設計和模擬的基礎，支持服務器-客戶端安裝在同一臺機器上的運行模式。與Pipeline Pilot Server結合在一起，提供化學/生物學數據顯示、模擬/分析、構建三維分子、展示動態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能。

·Discovery Studio Visualizer Client

是服務器-客戶端運行模式中、客戶端的可視化界面，用于訪問和使用服務器端的Discovery Studio軟件。必須與服務器端配置的Pipeline Pilot Server協同工作，為用戶提供無與倫比的數據、工作流程和計算資源共享。

蛋白質模擬模塊

·DS MODELER

只要給出未知結構序列與另一個已知三維結構蛋白的比對，利用工業(yè)標準的快速同源模建方法，便可自動并快速產生優(yōu)化的蛋白同源模型。對于靶標發(fā)現及蛋白家族功能結構分析，MODELER是一個理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變，進行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結構的比對并構建有配體結合的蛋白結構模型。結合Sequence Analysis模塊，可以全自動完成抗體Loop區(qū)模建。結合Discovery Studio里模擬及以結構為基礎的藥物設計的功能模塊，用MODELER還可以深入研究蛋白結構及功能的關系。

·DS Protein Refine

利用CHARMm對模建好的蛋白質進行側鏈和loop區(qū)的優(yōu)化，提高蛋白質模型的準確性。

·DS Protein Health

蛋白質三維結構合理性評價工具。Protein Health模塊運用Profiles 3D方法，通過將三維結構的結構環(huán)境與特定氨基酸殘基的優(yōu)先外界環(huán)境相比較，獲得相關結構性質與氨基酸序列信息之間的關系。通過Protein Health模塊的分析，用戶可以方便快速地找到蛋白質結構中不合理的區(qū)域。

·DS Protein Families

通過分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結構上的保守殘基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機制。Protein Families的簡單易用的流程(protocols)，也可一步步地引導用戶進行分析，從蛋白家族的序列或者結構比對，到進化蹤跡分析。而進化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來建立蛋白家族系統樹圖以及把這些得到的功能注釋信息畫到你的三維結構上去。進行序列比對時，允許根據需要對比對結果添加約束，提高活性部位關鍵殘基的比對效果。

·DS Sequence Analysis

與功能已知的其它蛋白的序列進行比對，是確定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以讓用戶通過通用的BLAST及PSI-BLAST算法來搜索本地數據庫或者NCBI網上數據庫，確定蛋白序列的同源區(qū)域。結果在交互的報告格式里面顯示以方便進行進一步的分析及在其它Discovery Studio模塊里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95數據庫時，結果文件中可以顯示輸出蛋白質的SCOP ID, Ligand ID以及X射線分辨率等信息。

更新說明

•與最新發(fā)布的Pipeline Pilot 9.5相兼容;

•新!新增Antibody Modeling Cascade模塊，該protocol可以基于一系列抗體輕鏈和重鏈序列快速構建單個或多個抗體Fab區(qū)或Fv區(qū)的3D模型;

•新!新增Assign ForceField Types (Prototype)功能，為charmm36、charmm27和charmm22力場提供一種新的分配原子類型的方法，該方法將傳統的同模板基于名稱進行匹配替代為基于結構進行匹配，一旦結構匹配，即賦予相應力場;

•增加基于Web Viewer報告組件的WebGL原型，可以在瀏覽器中創(chuàng)建含3D交互式界面的HTML報告，無需安裝任何插件;

•2D Ligand Interaction Diagram功能可以支持Discovery Studio中所有的非鍵作用類型，并改進了2D圖形的性能、可靠性和布局，可針對不同類型非鍵作用進行有針對性的修改;

• Predict Protein Ionization and Residue pK模塊包含新的計算功能：

• 可以在特定pH和離子強度環(huán)境下形成一個全質子化的分子模型;

• 基于pH環(huán)境計算分子的偶極矩;

•基于pH環(huán)境計算靜電勢對溶劑化和固態(tài)狀態(tài)之間溶劑能差異的貢獻，ΔΔGSolv;

• Annotate Antibody Sequence模塊可基于Chothia Canonical Loop定義方式注釋抗體序列的CDR區(qū)，并且可以識別出種系基因V和J基因可匹配的抗體VL和VH區(qū);

安裝教程

1、雙擊“DS45Client.exe”開始軟件的安裝

2、稍等一會兒進入軟件安培訓向導

3、點擊next設置軟件安裝目錄，默認為“C:\Program Files\BIOVIA\Discovery Studio 4.5\”

4、如下圖，點擊install安裝即可

5、完成后就可以運行discovery studio 4.5了。