化學繪圖類軟件ChemWindow的使用方法和技巧
Chem windows軟件是化學繪圖類軟件,主要用于分子結構式的繪制。ChemWindow 的操作絕大部分由鼠標便可完成,基本使用方法借助Help亦可較快學會。
Chem Windows不但可以畫二維分子結構,還提供了模擬三維分子結構的工具。在中文Windows環(huán)境可直接輸入漢字,所畫分子結構式可通過剪貼,放入Word等for Windows軟件編輯的文件中,還可利用其提供的程序轉換為其它多種圖形格式的文件,為其它應用軟件調用,如轉換為EPS文件。

ChemWindow 的使用方法和技巧:
ChemWindow 的操作絕大部分由鼠標便可完成,基本使用方法借助Help亦可較快學會。下面介紹作者在使用過程中的一些點滴經(jīng)驗和體會。
1.繪制ChemWindow 圖形的幾點技巧
在繪制復雜分子結構式時,利用復制、水平或垂直翻轉等操作可繪出對稱協(xié)調的分子結構式圖形。而在繪制化學反應方程式時,當反應式很長時,各部分之間要處于同一水平線上,若采取逐個擺放,既費時又費力,最簡單的方法是先用選擇工具選取該反應式,然后從Arrange下拉菜單中選擇Align Object命令,出現(xiàn)一對話框,選水平排序即可。分子結構式中原子標記用標記工具(Label Tool)為好,雖然標題工具(Caption Tool)也能進行元素符號的輸入,但用該工具輸人的元素符號獨立于所畫的分子結構式,且元素符號與鍵之間連接很不協(xié)調,不便于后續(xù)操作。而用標記工具輸入,則元素符號與所畫分子結構式構成一個協(xié)調的整體。
2. Word文本中ChemWindow 圖形的嵌人和幻燈片的制作
ChemWindow 圖形以***.cw2形式存儲,一般軟件不能直接調用。這樣Word文本中 嵌入分子結構式圖形,一般遵循下列操作程序:
開機→運行Windows→打開Word文本文件→最小化(切換至桌面)→運行ChemWindow→打開圖形文件(或繪制分子結構式圖形)→將所選圖形復制到剪貼板→切換至Word文本中→將光標置于文本中需嵌人圖形的位置,從編輯菜單中選擇粘貼命令。
脫離ChemWindow 后該圖形便不能被其它軟件調用。這樣限制了它的廣泛應用。作者采用先將ChemWindow 圖形移入畫筆(Paintbrush)中,然后將其轉換成bmp位圖文件。這樣在Word或其它軟件中便可隨時直接調用該bmp圖片,大大簡化了操作手續(xù),增強了該軟件與其它軟件的信息共享。但是這樣編輯有一個缺點:圖形變成位圖后,放大縮小會變形。
在教學或學術報告中常常需要制作幻燈片,Microsoft Office系統(tǒng)軟件中的Power Point能制作各種類型的幻燈片,ChemWindow 軟件與此軟件共享便可制作出圖文并茂的專業(yè)幻燈片。作者采用上述ChemWindow 軟件圖形轉化為bmp圖片,然后插入Power Point的幻燈片中,已獲得很好的效果。但是實際上按照上面的方法,直接將圖形復制→粘貼到powerpoint中的效果更好些。
ChemWindow是一個能繪出各種結構和形狀的化學分子結構及化學圖形的免費軟件。
ChemWindow 6. 0 主要有4個功能模塊組成:
(1) 分子結構繪制,包括化學鍵繪制、各種環(huán)結構繪制、化學反應機理的表示、相應文字說明、電子云表示等功能;
(2) 化學實驗裝置圖繪制,包括各種接口的玻璃儀器的圖形模板;
(3) 化工工藝流程圖繪制,具有各類化工設備的示意圖形庫;
(4) 提供大量的各種復雜分子結構通用模板,直接提取應用。所有功能模塊采用豐富的工具欄選擇,界面友好,使用便捷。
Chemwindow 6.0的界面:
新安裝時界面上的一些工具是沒有打開的,公欲善其事,必先利其器,因此可以根據(jù)自己的習慣定制不同的風格,方法如下:點擊“view”菜單,選擇其中的一項,選中的項目在菜單中用“√”顯示。
但不必打開所以的選項,一來打開過多小窗口影響速度,二來按住帶有紅色三角形的按鈕即可看到“view”菜單中的全部按鈕;另外,在文檔中的空白處任意右擊也可以得到這些常用的按鈕。
常用按鈕的選擇如圖所示:
View菜單 右擊得到的菜單
首先來認識一些常用按鈕:Standard Tools(標準工具):
其中:
用于選取繪圖區(qū)中的某一范圍;
用于選取整體中的部分;
為文字工具,用于書寫分子式等,但有所區(qū)別;
鍵線工具,用于繪制單鍵,雙鍵或其他鍵線在“Bond Tools”菜單或者右擊即可看到:
各類環(huán)狀;按住 鍵可以獲得更多環(huán)狀結構物質;如:
按住這些工具均可得到和右擊文檔空白得到一樣的菜單。
為編輯圖形的按鈕,功能分別為,將選中的圖形:
置于頂層、置于底層、組合、拆分、自由旋轉、水平旋轉、垂直旋轉、對齊。
一、簡單有機結構式的繪制:
法一:利用“Other”菜單中的“Make Stick Structure”或“Make Labeled Structure”進行轉換:如戊烷的鍵線式的繪制:
① 首先寫出分子式:
② 用選擇工具選中分子式,點擊“Other”菜單中的“Make Stick Structure”,得到戊烷的鍵線式:
③選中鍵線式,點擊“Other”菜單中的“Make Labeled Structure”則又可以得到分子式。
這種方法只是權宜之計,更直接的做法是用其他按鈕。
1.鍵線式的繪制:最簡單的表示方法,省去所有碳原子和氫原子,用鋸齒形狀的角和端點表示碳原子,鍵線表示碳原子的結合次序
①直鏈烴鍵線式:如正戊烷的繪制:
點擊鍵線按鈕 ,光標變成“+”形;按住鼠標左鍵,在文檔中拖動,其中的數(shù)字表示碳原子的個數(shù),個數(shù)為“5”時松開鼠標。
②含有支鏈或雙鍵、叁鍵的鍵線式:在直鏈的基礎上添加,如:
己烷的同分異構體的繪制:
① 用 工具繪出4個碳的鍵線:
② 選擇單鍵工具 ,將光標移到第2個碳上,出現(xiàn)黑色方塊時點擊兩下,添加2個單鍵:用套索工具 將鍵線移動到合適的位置,如圖:
雙鍵的繪制,以1,3—丁二烯為例:
① 用 工具繪出4個碳的鍵線:
② 選擇雙鍵工具 ,將光標移到第1個C—C雙鍵的中間,出現(xiàn)黑色小方塊后單擊,若希望另一鍵線在上面,則再次點擊;同理繪出另一雙鍵。
注:兩化學鍵之間如果不特別標明化學元素,程序默認為碳元素,如果要加上化學元素,則用文字工具 添加:如丙酮分子的繪制:
用鍵線和雙鍵繪出丙酮的結構;點擊 工具,將光標移到雙鍵的上部,出現(xiàn)黑色方塊后單擊,在光標出輸入“O”,同樣在單鍵兩端輸入甲基;
2. 鋸架透視式 用于表示兩個或者兩個以上碳原子的有機化合物的立體結構,所有的鍵線均用實線表示。
如乙烷鋸架透視式的繪制:
① 選擇單鍵工具 ,在文檔中點擊3下,得到一個甲基;
② 選中這個甲基,點擊自由旋轉工具 ,將其轉到正放的位置:
③ 將其復制一份,選中,用垂直翻轉工具 將其翻轉,得到一個倒放的甲基;
④ 用單鍵工具 為正放的甲基添加一條鍵,并用套索工具 將鍵線拖動到合適的位置,并將倒放的甲基移動到單鍵上,用文字工具 加上氫元素H,最后同時選中全部,點擊組合按鈕 (或按Ctrl+G鍵)將其組合。
同理可繪制出其他構像的結構:如:
注:自由旋轉工具 用后,再次點擊,使其處于未選中狀態(tài),否則將影響其他工具的使用。
3. 楔形透視式:實線表示紙平面上的鍵,虛線表示伸向紙后方的鍵,楔形表示伸向紙平面前方的鍵:
同樣以乙烷的楔形透視式為例:
①用 工具繪出4個碳的鍵線:
②選擇虛線鍵工具 ,將光標移到第3個碳,按住鼠標左鍵拖放,繪制出表示伸向紙后方的鍵;
③同樣用楔形鍵 繪出表示伸向紙平面前方的鍵,
④同理繪制出另外兩個鍵,注意楔形將與對面的虛線鍵平行,最后添加氫元素后全選、組合
4. 紐曼投影式:將分子模形放在紙面上,沿C—C鍵的軸線投影,以 表示前面的碳原子及其鍵,以 表示后面的碳原子及其鍵:
同樣以乙烷為例:
在文檔空白出單擊右鍵,選擇 工具,即可得到一個交叉式紐曼投影,用選擇工具選中,將光標移到4角的控點上,光標變成“+”時拖動鼠標將其擴大到合適的大小,最后加上氫元素,全選,組合即可。其中,在松開鼠標之前,移向不同的方向拖動將得到不同構像的紐曼式,如:(虛線箭頭表示鼠標移動的方向)
操作簡易的化學畫圖軟件----ChemWindow
三維立體結構:包括網(wǎng)線(Wireframe)、棒棒鍵(Sticks)、棒加球(Ball & Stick)、空間立體球(Spacefill)四種方式。
SymApps 6.0與ChemWindow 6.0直接相連,在ChemWindow 6.0中繪畫的二維化學結構式,可直接轉入到SymApps 6.0,轉化成三維立體結構在SymApps中的三維立體結構可以任意旋轉,使用者可從不同的角度和方向觀察結構,并可計算出每個原子的三維坐標位置,以及相關的鍵長、鍵角數(shù)據(jù)。

同樣以乙烷分子為例:
①用 工具繪出乙烷的鍵線式:
② 選中乙烷鍵線式,點擊“Other”菜單中的“SymApps”,彈出如圖窗口:
其中:左邊的三個窗口分別是:
其作用分別是:
球狀:將光標放在球面或球的邊上移動,可將結構圖在原地不同角度轉動;
十字型:將光標在上面移動,可將結構圖移到窗口中的任意位置;
在放大鏡上下移動可將圖形縮放;右邊表示從近處和遠處觀看圖形,只有在選中 后才能使用。
分別用于顯示坐標、化學鍵、元素符號。
用于選擇不同的三維模型;
分別是黑白、光照、陰影、光源、透視(即從近處或遠處觀看)
在默認狀態(tài)下,SymApps只顯示出碳骨架,若要顯示其他原子,點擊 ,此時彈出對話框,
Create New Document:在新窗口中打開;
Replace Existing Document:替換已經(jīng)存在的窗口;
Discard Result:關閉窗口;
選擇“Create New Document”,得到:
依次點擊 ,分別得到網(wǎng)線(Wireframe)、棒棒鍵(Sticks)、棒加球(Ball & Stick)、空間立體球(Spacefill)四種方式:
點擊復制按鈕 可將圖像復制到剪貼板上,粘貼到文檔中
將光標置于不同的原子上將得到各種鍵參數(shù),如圖所示:
各種參數(shù)也可以通過 得到:
一、復雜有機結構式的繪制
1. 環(huán)狀分子結構式的輸入:
主要是利用環(huán)狀工具,如輸入苯環(huán):點擊工具箱中的“苯”的結構元件,可選取單雙鍵或圓形結構,再在繪圖區(qū)點擊即可。若同時按住“Shift”鍵作圖還可調整苯環(huán)的大??;按住鼠標左鍵后并轉動鼠標可旋轉苯,常見的各種環(huán)狀如:
同樣可以得到其三維圖形:
2. 多種環(huán)狀結構組合
在一個環(huán)狀結構的基礎上,點擊環(huán)上的結點和鍵上的結點得到不同的物質:點擊環(huán)上的結點,會以一根鍵連接另一個環(huán);點擊環(huán)上的邊,則共邊連接一個環(huán)。圖示為:
得到的分別是聯(lián)苯、萘,其立體構型分別為:
同樣可以繪制出其他的稠環(huán)烴:如:蒽、茚、苯并芘
另外在 工具中提供大量的模板可直接調用,如:
3.多種環(huán)狀結構組合
4.文字和結構組合‍‍
①帶支鏈的環(huán)狀化合物
一般先畫出所需的環(huán)狀結構,再將文字或基團加在相應的環(huán)狀結構位置上。 欲畫出苯酚的結構,可先畫出苯環(huán)的結構,再用單鍵工具 畫出連接的鍵線,最后用文字工具 添加“OH”,注意當光標在連接的地方出現(xiàn)黑色方塊后再點擊,使得整體連接得更好。
②雜環(huán)化合物 即是環(huán)狀有機化合物中,構成環(huán)的原子除了碳原子外還有其他原子,并具有芳香結構的物質,常見的雜原子有 N、O、S等;
一般先繪制一個環(huán),再點擊 ,移動鼠標至環(huán)狀結構上的端點,等出現(xiàn)一個小黑方塊后單擊鼠標,再輸入雜原子元素符號,如吡啶的結構繪制:
同理可繪制出其他雜環(huán)化合物,如:尼古丁、咖啡因、膽固醇:
還可以繪制出一些更加復雜的分子結構:如圖分別是:結構式、網(wǎng)線Wireframe)、棒棒鍵(Sticks)、棒加球(Ball & Stick)、空間立體球(Spacefill)
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