R語(yǔ)言繪制維恩圖ggvenn示例詳解

更新時(shí)間：2022年06月24日 09:13:44 作者：Wei_Sun

這篇文章主要為大家介紹了R語(yǔ)言繪制維恩圖ggvenn示例詳解，有需要的朋友可以借鑒參考下，希望能夠有所幫助，祝大家多多進(jìn)步，早日升職加薪

引言

韋恩圖，Venn diagram，常用圖的一種，用來(lái)展示集合之間的特異性和共同性?，F(xiàn)在有很多在線的網(wǎng)站都可以繪制，但是R來(lái)畫(huà)也方便，其中g(shù)gvenn是基于ggplot2的專(zhuān)門(mén)繪制韋恩圖的R包。

官方網(wǎng)站：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn

1.安裝

ggvenn在CRAN上，直接用Install.packages就可以完成安裝：

&gt; install.packages("ggvenn")
&gt; library(ggvenn)

2.基礎(chǔ)用法

ggvenn支持list和data.frame兩種數(shù)據(jù)格式。這里以三個(gè)基因文件為例：

讀取三個(gè)基因文件：

> set1<-read.csv("gene_a.csv")
> set2<-read.csv("gene_b.csv")
> set3<-read.csv("gene_c.csv")

提取每個(gè)文件的基因id，創(chuàng)建list：

> dat <- list( A = set1$gene_id,  B = set2$gene_id, C = set3$gene_id)

繪圖：

> ggvenn(dat)

繪制部分list：

> ggvenn(dat, c("A", "B"))

3.圖形美化

填充

fill_color：填充顏色
fill_alpha：填充透明度

邊框

stroke_color：邊框顏色
stroke_alpha：邊框透明度
stroke_size：邊框粗細(xì)
stroke_linetype：邊框線的類(lèi)型

集合名

set_name_color：集合名顏色
set_name_size：集合名字號(hào)

集合內(nèi)文本

text_color：文本顏色
text_size：文本字號(hào)

百分比

show_percentage：TRUE or FALSE

> ggvenn(dat,show_percentage = T,
  stroke_color = "white",
  stroke_size = 0.5,
  fill_color = c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
  set_name_color =c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"), 
  set_name_size = 15,text_size=6)

4.提取交集部分并輸出

> A_B <- as.data.frame(intersect(set1$gene_id, set2$gene_id))
> write.csv(A_B,"A_B_common_gene.csv",row.names = F)

以上就是R語(yǔ)言繪制維恩圖ggvenn示例詳解的詳細(xì)內(nèi)容，更多關(guān)于R繪制維恩圖ggvenn的資料請(qǐng)關(guān)注腳本之家其它相關(guān)文章！

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