python使用nibabel和sitk讀取保存nii.gz文件實(shí)例
nii.gz格式是醫(yī)學(xué)圖像常用的壓縮格式，python中可用nibabel和sitk來(lái)讀取保存。
使用nibabel
由于使用nibabel圖像會(huì)旋轉(zhuǎn)90度，所以讀取保存的時(shí)候還得保存映射信息，3維圖像格式為（z, y, x）
讀取nii.gz文件
img = nib.load('xxxxx.nii.gz')
img_affine = img.affine
img = img.get_data()
保存nii.gz文件
nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename('xxxxx.nii.gz')
使用sitk
使用sitk讀取nii時(shí)，讀取出來(lái)的還是圖片格式，可以使用他自帶的函數(shù)進(jìn)行處理，不過(guò)速度比較慢，建議使用GetArrayFromImage轉(zhuǎn)換成numpy格式再處理，3維圖像格式為（x, y, z）
讀取nii.gz文件
img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(img)
保存nii.gz文件
out = sitk.GetImageFromArray(img)
sitk.WriteImage(out,'xxxxx.nii.gz')
在numpy數(shù)組和nibabel或sitk中相互轉(zhuǎn)換時(shí)，要注意數(shù)據(jù)的格式，一般保存為int或uint類型。比如輸入nii為16位有符號(hào)整型時(shí)，我們可能需要轉(zhuǎn)換成0~255灰度圖，可用如下代碼：
img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img),sitk.sitkUInt8)
img = sitk.GetArrayFromImage(img)
補(bǔ)充知識(shí)：SimpleITK保存Nii文件與錯(cuò)誤處理方式
Reason:
把處理好的分割結(jié)果保存為nii文件，用ITKsnap讀取時(shí)出現(xiàn)了如下錯(cuò)誤。
SimpleITK讀取和保存Nii文件
1. 讀取
import SimpleITK as sitk filename = './xxx.nii' ct = sitk.ReadImage(filename) ct_array = sitk.GetArrayFromImage(ct) origin =ct.GetOrigin() direction = ct.GetDirection() space = ct.GetSpacing()
2. 保存
savedImg = sitk.GetImageFromArray(ct_array) savedImg.SetOrigin(origin) savedImg.SetDirection(direction) savedImg.SetSpacing(space) sitk.WriteImage(savedImg, saved_name)
Note：被保存的ct_array數(shù)組一定是ndarray，float類型的才能被ITKsnap正確讀取，如果是int類型的，就會(huì)出現(xiàn)上圖中的錯(cuò)誤。
以上這篇python使用nibabel和sitk讀取保存nii.gz文件實(shí)例就是小編分享給大家的全部?jī)?nèi)容了，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。
相關(guān)文章
python PIL和CV對(duì) 圖片的讀取,顯示,裁剪,保存實(shí)現(xiàn)方法
今天小編就為大家分享一篇python PIL和CV對(duì) 圖片的讀取,顯示,裁剪,保存實(shí)現(xiàn)方法，具有很好的參考價(jià)值，希望對(duì)大家有所幫助。一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧2019-08-08
django foreignkey(外鍵)的實(shí)現(xiàn)
這篇文章主要介紹了django foreignkey(外鍵)的實(shí)現(xiàn)，文中通過(guò)示例代碼介紹的非常詳細(xì)，對(duì)大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價(jià)值，需要的朋友們下面隨著小編來(lái)一起學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)吧2019-07-07
Python合并多個(gè)Excel數(shù)據(jù)的方法
這篇文章主要介紹了Python合并多個(gè)Excel數(shù)據(jù)的方法也就是說(shuō)將多個(gè)excel中的數(shù)據(jù)合并到另一個(gè)表中，本文通過(guò)實(shí)例代碼相結(jié)合的形式給大家介紹的非常詳細(xì)，具有一定的參考借鑒價(jià)值，需要的朋友參考下吧2018-07-07
Python計(jì)算程序運(yùn)行時(shí)間的方法
這篇文章主要介紹了Python計(jì)算程序運(yùn)行時(shí)間的方法,分別記錄起始時(shí)間與結(jié)束時(shí)間,計(jì)算兩者之間的差值來(lái)獲得程序的運(yùn)行時(shí)間,需要的朋友可以參考下2014-12-12
python實(shí)現(xiàn)微信打飛機(jī)游戲
這篇文章主要為大家詳細(xì)介紹了python實(shí)現(xiàn)微信打飛機(jī)游戲，文中示例代碼介紹的非常詳細(xì)，具有一定的參考價(jià)值，感興趣的小伙伴們可以參考一下2020-03-03
這篇文章主要介紹了python單元測(cè)試框架pytest的使用示例，文中通過(guò)示例代碼介紹的非常詳細(xì)，對(duì)大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價(jià)值，需要的朋友們下面隨著小編來(lái)一起學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)吧2020-10-10
這篇文章主要為大家詳細(xì)介紹了python掃描線填充算法，文中示例代碼介紹的非常詳細(xì)，具有一定的參考價(jià)值，感興趣的小伙伴們可以參考一下2020-02-02
pytorch 實(shí)現(xiàn)cross entropy損失函數(shù)計(jì)算方式
今天小編就為大家分享一篇pytorch 實(shí)現(xiàn)cross entropy損失函數(shù)計(jì)算方式，具有很好的參考價(jià)值，希望對(duì)大家有所幫助。一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧2020-01-01
python通過(guò)exifread模塊獲得圖片exif信息的方法
這篇文章主要介紹了python通過(guò)exifread模塊獲得圖片exif信息的方法,實(shí)例分析了Python操作exifread模塊的技巧,需要的朋友可以參考下2015-03-03
基于python實(shí)現(xiàn)一個(gè)簡(jiǎn)單的瀏覽器引擎
瀏覽器引擎是用來(lái)處理、渲染和顯示網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容的核心組件,其主要任務(wù)是將用戶輸入的URL所代表的網(wǎng)頁(yè)資源加載并呈現(xiàn)出來(lái),通常包括HTML、CSS、JavaScript以及各種多媒體內(nèi)容,本文給大家介紹了如何基于python實(shí)現(xiàn)一個(gè)簡(jiǎn)單的瀏覽器引擎,需要的朋友可以參考下2024-10-10