使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作
因為后期主要的研究方向是醫(yī)學圖像處理，而現(xiàn)有手頭的大部分數(shù)據(jù)都是nii格式或者是hdr，img格式的數(shù)據(jù)，所以首先第一步我們需要解決圖像的讀寫問題。
其實使用OpenCV也可以方便的進行圖像讀取，但是這里暫時只學習Nibabel這個庫，后面有時間的話再研究OpenCV在python中的使用。
Nibabel的安裝
可以通過pip進行安裝
pip install nibabel
簡單的圖像讀取和存儲操作
import os import nibabel as nib # 讀取圖像 path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz' img=nib.load(path) # 查看圖像的長寬高 img.shape # 圖像進行仿射變換 img.affine.shape # 保存圖像 path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz' img.to_filename(path_save) 或者 nib.save(img,path_save)
補充知識：使用SimpleITK讀取NII格式三維圖像注意事項
SimpleITK
Python中SimpleITK被廣泛用于醫(yī)學圖像的處理任務(wù)中，功能非常強大，但是使用的時候還需注意，尤其在圖像讀取時一定要注意維度。
讀取NII格式的圖像
#讀取并顯示NII圖像文件 from matplotlib import pyplot as plt import SimpleITK as sitk img_path = 'res.nii.gz' I = sitk.ReadImage(img_path) img = sitk.GetArrayFromImage(I) plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic') plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis plt.show()
上面的代碼很簡單，不多做解釋，加入我們在最后加上
print(img.shape)
如果輸出（300,200,120），其中分別表示該三維體數(shù)據(jù)在Z軸，Y軸，X軸上的尺寸，這和MATLAB以及ImageJ都有點不同，后續(xù)處理一定要注意。
以上這篇使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作就是小編分享給大家的全部內(nèi)容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。
相關(guān)文章
Python?FastApi結(jié)合異步執(zhí)行方式
這篇文章主要介紹了Python?FastApi結(jié)合異步執(zhí)行方式,具有很好的參考價值,希望對大家有所幫助,如有錯誤或未考慮完全的地方,望不吝賜教2024-06-06
今天小編就為大家分享一篇用Python實現(xiàn)將一張圖片分成9宮格的示例，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧2019-07-07
這篇文章主要介紹了Python hashlib模塊加密過程解析,文中通過示例代碼介紹的非常詳細，對大家的學習或者工作具有一定的參考學習價值,需要的朋友可以參考下2019-11-11
這篇文章主要介紹了利用Python多線程制作的圖片下載器的相關(guān)代碼，文中展示的示例代碼講解詳細，對我們學習Python有一定幫助，需要的可以參考一下2022-03-03
python3+PyQt5重新實現(xiàn)QT事件處理程序
這篇文章主要為大家詳細介紹了python3+PyQt5重新實現(xiàn)QT事件處理程序，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們可以參考一下2018-04-04
python爬蟲構(gòu)建代理ip池抓取數(shù)據(jù)庫的示例代碼
這篇文章主要介紹了python爬蟲構(gòu)建代理ip池抓取數(shù)據(jù)庫的示例代碼，幫助大家更好的使用爬蟲，感興趣的朋友可以了解下2020-09-09
在本篇文章里小編給大家整理的是關(guān)于Python轉(zhuǎn)換時間的方法以及具體步驟流程，需要的朋友們參考下。2019-07-07
Python之tkinter列表框Listbox與滾動條Scrollbar解讀
這篇文章主要介紹了Python之tkinter列表框Listbox與滾動條Scrollbar解讀，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。如有錯誤或未考慮完全的地方，望不吝賜教2023-05-05
踩坑:pytorch中eval模式下結(jié)果遠差于train模式介紹
這篇文章主要介紹了踩坑:pytorch中eval模式下結(jié)果遠差于train模式介紹，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧2020-06-06
Pyramid將models.py文件的內(nèi)容分布到多個文件的方法
默認的Pyramid代碼結(jié)構(gòu)中，就只有一個models.py文件，在實際項目中，如果需要對models進行分類，放到不同文件下，應(yīng)該怎么辦2013-11-11