python實現(xiàn)聚類算法原理
本文主要內(nèi)容:
- 聚類算法的特點
- 聚類算法樣本間的屬性(包括,有序屬性、無序屬性)度量標準
- 聚類的常見算法,原型聚類(主要論述K均值聚類),層次聚類、密度聚類
- K均值聚類算法的python實現(xiàn),以及聚類算法與EM最大算法的關系
- 參考引用
先上一張gif的k均值聚類算法動態(tài)圖片,讓大家對算法有個感性認識:

其中:N=200代表有200個樣本,不同的顏色代表不同的簇(其中 3種顏色為3個簇),星星代表每個簇的簇心。算法通過25次迭代找到收斂的簇心,以及對應的簇。 每次迭代的過程中,簇心和對應的簇都在變化。
聚類算法的特點
聚類算法是無監(jiān)督學習算法和前面的有監(jiān)督算法不同,訓練數(shù)據(jù)集可以不指定類別(也可以指定)。聚類算法對象歸到同一簇中,類似全自動分類。簇內(nèi)的對象越相似,聚類的效果越好。K-均值聚類是每個類別簇都是采用簇中所含值的均值計算而成。

聚類樣本間的屬性(包括,有序屬性、無序屬性)度量標準 1. 有序屬性
例如:西瓜的甜度:0.1, 0.5, 0.9(值越大,代表越甜)
我們可以使用明可夫斯基距離定義:

2. 無序屬性
例如:色澤,青綠、淺綠、深綠(又例如: 性別: 男, 女, 中性,人yao…明顯也不能使用0.1, 0.2 等表示求距離)。這些不能使用連續(xù)的值表示,求距離的,一般使用VDM計算:


聚類的常見算法,原型聚類(主要論述K均值聚類),層次聚類、密度聚類
聚類算法分為如下三大類:
1. 原型聚類(包含3個子類算法):
K均值聚類算法
學習向量量化
高斯混合聚類
2. 密度聚類:
3. 層次聚類:
下面主要說明K均值聚類算法(示例來源于,周志華西瓜書)
算法基本思想:
K-Means 是發(fā)現(xiàn)給定數(shù)據(jù)集的 K 個簇的聚類算法, 之所以稱之為 K-均值 是因為它可以發(fā)現(xiàn) K 個不同的簇,且每個簇的中心采用簇中所含值的均值計算而成.簇個數(shù) K 是用戶指定的, 每一個簇通過其質心(centroid), 即簇中所有點的中心來描述.
算法流程如下:

主要是三個步驟:
- 初始化選擇K個簇心,假設樣本有 m個屬性,則相當于k個m為向量
- 對于k個簇,求離其最近的樣本,并劃分新的簇
- 對于每個新的簇,更新簇心的向量(一般可以求簇的樣本的屬性的均值)
- 重復2~3直到算法收斂,或者運行了指定的次數(shù)
下面給出西瓜書的示例:
西瓜包含下面兩個屬性,密度以及含糖率,這兩個屬性構成的二維向量,作為輸入向量(具體數(shù)據(jù)如下表)

算法大致過程如下:

下圖是分類的,每一輪簇心的更新結果,圖中橫坐標為密度屬性,縱坐標為含糖率屬性:

4. K均值聚類算法的python實現(xiàn)
下面給出K-means cluster算法的實現(xiàn)的大致框架:
class KMeans(object):
def __init__(self, k, init_vec, max_iter=100):
"""
:param k:
:param init_vec: init mean vectors type: k * n array(n properties)
"""
self._k = k
self._cluster_vec = init_vec
self._max_iter = max_iter
def fit(self, x):
# 迭代最大次數(shù)
for i in xrange(self._max_iter):
print 'iteration %s' % i
# 求每個簇心的簇類
d_cluster = self._cluster_point(x)
# 對現(xiàn)有的簇類,更新簇心
new_center_node = self._reevaluate_center_node(d_cluster)
# 檢測簇心是否變化,判斷算法收斂
if self._check_converge(new_center_node):
print 'found converge node'
break
else:
self._cluster_vec = new_center_node
def _cal_distance(self, vec1, vec2):
return np.linalg.norm(vec1 - vec2)
def _cluster_point(self, x):
# 求每個簇心的簇
pass
return d_cluster
def _reevaluate_center_node(self, d_cluster):
# 對新的簇,求最佳簇心
return arr_center_node
def _check_converge(self, vec):
# 判斷簇心是否改變,算法收斂
return np.array_equal(self._cluster_vec, vec)
具體的算法,以及見本人的github
下面給出程序的運行結果, 由圖可見經(jīng)過三次迭代程序收斂,并且找到最佳節(jié)點:

下面再給出,另一次運行結果,可見由于初始化點選擇不一樣,得到的結果也是不一樣的,初始點的選擇對聚類算法的影響還是很大。

K-means實際上是EM算法的一個特例,根據(jù)中心點(簇心)決定數(shù)據(jù)點歸屬是expectation,而根據(jù)構造出來的cluster更新中心(簇心)則是maximization。理解了K-means,也就順帶了解了基本的EM算法思路。
5. 參考引用
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